Die erste weltlich-humanistische Jugendarbeit fand vor über hundert Jahren vor allem in den Vorbereitungskursen zur Jugendweihe statt. In Berlin wurde dies Ende des vorigen Jahrhunderts durch die Freireligiöse Gemeinde organisiert. Der auf die Jugendweihe vorbereitende Unterricht stieß, da er die religiöse und politische Selbstbestimmung des Individuums zum Ziel hatte, auf den Widerstand des Staates und unterlag immer wieder Behinderungen bis hin zu Verboten. Eine freigeistig-atheistisch orientierte Jugendarbeit konnte sich deshalb erst in der Weimarer Republik richtig entfalten.

Neben der Massen mobilisierenden Jugendweihe bildeten sich freidenkerisch orientierte Jugendgruppen, die sich zu Ostern 1927 zum Bund der Freidenkerjugend zusammenschlossen. Schon damals spielten nicht nur weltanschauliche Schulung und politischer Einsatz eine Rolle, sondern auch Fahrten und Freizeitaktivitäten trugen zur Aktivitäten dieser Gruppe bei. All diese Aktivitäten endeten im März 1933 mit dem Verbot der Freidenkerbewegung durch die Nationalsozialisten.

Nach 1945 entstand die Freidenkerbewegung und mit ihr die Jugendweihen, später auch die Freidenkerjugend in der Bundesrepublik wieder neu. In der DDR blieb die Freidenkerbewegung verboten, die Tradition der Jugendweihen wurde Mitte der fünfziger Jahre wiederbelebt, dabei allerdings zur staatlichen Pflichtveranstaltung umgeformt, die kaum noch etwas mit der den ursprünglichen Intentionen der Jugendweihe gemein hatte. Die Westberliner Freidenkerjugend wurde 1982 Mitglied des Landesjugendrings Berlin, in dem alle wichtigen Jugendorganisationen unabhängig von ihrer weltanschaulichen Ausrichtung im Interesse der Jugend zusammenarbeitet.

Als sich 1993 der Deutsche Freidenkerverband mit anderen Organisationen im Humanistischen Verband Deutschlands zusammenschloß, benannte sich auch die Freidenkerjugend in Junge HumanistInnen um. Seit 1991 existiert, mit Sitz in Berlin, ein Bundesverband aller humanistischen Jugendverbände.